Pada 23 April 2008, Rustam A. Sani meninggal dunia di rumahnya pada usia 63 tahun kerana penyakit jantung. Rumahnya di 7519 Batu 6 3/4, Bukit Lela, Gombak, Selangor. Dua buah bukunya, iaitu Social Roots of the Malay Left dan Failed Nation? Concerns of A Malaysian Nationalist sepatutnya dilancarkan oleh Datuk Seri Anwar Ibrahim pada 26 April di Perpustakaan Raja Tun Uda, Shah Alam.